COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 6.901159 3.546286 3.778087
2020-10-08 17:00:00 6.462274 3.880554 3.785508
2020-10-07 17:00:00 4.575367 3.268563 3.749524
2020-10-06 17:00:00 4.282309 4.282309 3.713911
2020-10-05 17:00:00 6.174934 3.463091 3.642817
2020-10-04 17:00:00 4.342553 4.342553 3.598665
2020-10-03 17:00:00 4.084329 4.084329 3.539210

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 7.002039 3.297077 4.092963
2020-10-08 17:00:00 5.970149 5.970149 3.969547
2020-10-07 17:00:00 3.940568 3.940568 3.850774
2020-10-06 17:00:00 4.824121 4.824121 3.751189
2020-10-05 17:00:00 4.087193 4.087193 3.536786
2020-10-04 17:00:00 2.988691 2.988691 3.437884
2020-10-03 17:00:00 3.753351 3.753351 3.286162

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 2.069614 2.069614 1.819057
2020-10-08 17:00:00 3.666667 3.666667 1.906257
2020-10-07 17:00:00 1.973684 1.973684 2.000335
2020-10-06 17:00:00 0.390625 0.390625 1.956114
2020-10-05 17:00:00 10.000000 1.541850 1.932708
2020-10-04 17:00:00 3.517588 1.585504 1.960279
2020-10-03 17:00:00 3.428971 2.218330 2.014418

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 1.947149 1.019935 1.075325
2020-10-08 17:00:00 1.102362 1.102362 1.066705
2020-10-07 17:00:00 0.799600 0.799600 1.062091
2020-10-06 17:00:00 1.222104 1.222104 1.037492
2020-10-05 17:00:00 1.691176 1.217253 0.998461
2020-10-04 17:00:00 1.057906 1.057906 1.010414
2020-10-03 17:00:00 1.261830 1.261830 0.994372

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 9.777495 5.359186 6.921415
2020-10-08 17:00:00 9.593207 5.221138 6.869223
2020-10-07 17:00:00 8.858492 6.619443 6.859724
2020-10-06 17:00:00 10.727865 10.727865 6.842586
2020-10-05 17:00:00 12.453048 12.453048 6.797009
2020-10-04 17:00:00 7.147814 7.147814 6.727425
2020-10-03 17:00:00 7.108669 7.108669 6.616567

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 5.456702 3.469751 3.562184
2020-10-08 17:00:00 3.242291 3.242291 3.565076
2020-10-07 17:00:00 2.649643 2.649643 3.519783
2020-10-06 17:00:00 3.712497 3.712497 3.450527
2020-10-05 17:00:00 8.110733 8.110733 3.420116
2020-10-04 17:00:00 4.008959 4.008959 3.356898
2020-10-03 17:00:00 4.603087 4.603087 3.254917

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 8.984615 3.600000 3.479135
2020-10-08 17:00:00 4.886717 2.532208 3.485606
2020-10-07 17:00:00 3.495146 3.495146 3.451679
2020-10-06 17:00:00 4.442509 4.442509 3.435243
2020-10-05 17:00:00 3.874539 3.874539 3.305012
2020-10-04 17:00:00 4.065041 4.065041 3.237851
2020-10-03 17:00:00 3.747245 3.747245 3.204666

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 3.739492 2.604116 2.795017
2020-10-08 17:00:00 3.710978 2.739301 2.818072
2020-10-07 17:00:00 4.111482 3.046182 2.810119
2020-10-06 17:00:00 3.151140 3.151140 2.818292
2020-10-05 17:00:00 2.725574 2.725574 2.831651
2020-10-04 17:00:00 2.699414 2.699414 2.830037
2020-10-03 17:00:00 2.596757 2.596757 2.839863

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 12.844037 12.844037 9.547860
2020-10-08 17:00:00 7.480315 7.480315 9.282629
2020-10-07 17:00:00 9.882089 9.882089 9.031598
2020-10-06 17:00:00 9.964830 9.964830 8.806327
2020-10-05 17:00:00 13.161132 13.161132 8.709573
2020-10-04 17:00:00 9.664537 9.664537 8.640073
2020-10-03 17:00:00 7.366985 7.366985 8.434096

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 6.003787 2.268979 2.848144
2020-10-08 17:00:00 5.494329 2.815542 2.794898
2020-10-07 17:00:00 3.478726 3.478726 2.736633
2020-10-06 17:00:00 3.289474 3.289474 2.690463
2020-10-05 17:00:00 5.150831 2.106942 2.590003
2020-10-04 17:00:00 3.282459 3.282459 2.520399
2020-10-03 17:00:00 3.249008 3.249008 2.446199

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 4.124579 4.124579 4.482717
2020-10-08 17:00:00 5.699482 5.699482 4.356509
2020-10-07 17:00:00 5.511811 5.511811 4.256633
2020-10-06 17:00:00 3.867403 3.867403 4.153256
2020-10-05 17:00:00 4.899777 2.029520 4.041620
2020-10-04 17:00:00 5.258467 5.258467 3.913037
2020-10-03 17:00:00 4.466313 4.466313 3.784952

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 1.757188 2.337938 0.982609
2020-10-08 17:00:00 1.263158 1.263158 0.902481
2020-10-07 17:00:00 0.238095 0.238095 0.877719
2020-10-06 17:00:00 1.102941 1.102941 0.814750
2020-10-05 17:00:00 1.005025 0.425080 0.789717
2020-10-04 17:00:00 3.036437 0.809717 0.817031
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 0.828482

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 10.855683 3.575990 3.494786
2020-10-08 17:00:00 6.250000 2.626812 3.495278
2020-10-07 17:00:00 6.857855 3.304239 3.457768
2020-10-06 17:00:00 3.201507 3.201507 3.398050
2020-10-05 17:00:00 5.295950 5.295950 3.455712
2020-10-04 17:00:00 6.530612 6.530612 3.439932
2020-10-03 17:00:00 3.418803 3.418803 3.460342

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 8.843537 8.843537 8.267379
2020-10-08 17:00:00 8.513709 8.513709 8.174044
2020-10-07 17:00:00 8.163265 8.163265 7.693560
2020-10-06 17:00:00 8.179959 8.179959 7.376492
2020-10-05 17:00:00 11.238532 11.238532 7.293523
2020-10-04 17:00:00 5.923345 5.923345 7.079785
2020-10-03 17:00:00 9.538462 9.538462 6.959036

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 12.803321 12.803321 8.338527
2020-10-08 17:00:00 10.599369 10.599369 7.883499
2020-10-07 17:00:00 9.042218 9.042218 7.493817
2020-10-06 17:00:00 4.706524 8.170347 7.120839
2020-10-05 17:00:00 14.827586 4.093938 6.834534
2020-10-04 17:00:00 4.364279 4.364279 6.504798
2020-10-03 17:00:00 7.730673 7.730673 6.130796

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 7.126503 7.126503 4.907449
2020-10-08 17:00:00 8.044113 3.697697 4.808063
2020-10-07 17:00:00 6.138428 6.138428 4.665648
2020-10-06 17:00:00 3.232693 3.232693 4.493789
2020-10-05 17:00:00 4.822777 2.919965 4.360617
2020-10-04 17:00:00 9.079976 9.079976 4.206885
2020-10-03 17:00:00 4.198185 4.198185 4.048358

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 6.380952 7.950163 5.938950
2020-10-08 17:00:00 7.519242 7.519242 5.810904
2020-10-07 17:00:00 6.004756 6.004756 5.482957
2020-10-06 17:00:00 3.284672 3.284672 5.353821
2020-10-05 17:00:00 6.581900 6.581900 5.161275
2020-10-04 17:00:00 7.293035 7.293035 4.929069
2020-10-03 17:00:00 3.627853 3.627853 4.752662

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 5.421126 5.421126 4.510414
2020-10-08 17:00:00 5.389097 5.389097 4.422068
2020-10-07 17:00:00 5.317024 5.317024 4.361341
2020-10-06 17:00:00 4.383440 4.383440 4.283781
2020-10-05 17:00:00 7.609988 3.295996 4.163038
2020-10-04 17:00:00 3.606279 2.201502 4.081691
2020-10-03 17:00:00 4.659498 4.659498 3.958085

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 6.617345 2.959309 3.625469
2020-10-08 17:00:00 5.556466 3.425668 3.587016
2020-10-07 17:00:00 4.575263 4.575263 3.531770
2020-10-06 17:00:00 4.237632 4.237632 3.415234
2020-10-05 17:00:00 5.056026 3.382393 3.359864
2020-10-04 17:00:00 3.278689 3.278689 3.252615
2020-10-03 17:00:00 3.409484 3.409484 3.157665

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 9.698137 4.078356 4.731556
2020-10-08 17:00:00 -2.341790 7.179487 4.679484
2020-10-07 17:00:00 1.035362 5.689278 4.643387
2020-10-06 17:00:00 3.974359 3.974359 4.472082
2020-10-05 17:00:00 8.296943 1.663020 4.280884
2020-10-04 17:00:00 6.153846 6.153846 4.062340
2020-10-03 17:00:00 3.562341 3.562341 3.907340

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 15.789474 15.789474 9.901821
2020-10-08 17:00:00 11.612903 11.612903 9.043445
2020-10-07 17:00:00 9.554140 9.554140 8.405163
2020-10-06 17:00:00 5.747126 5.747126 8.045051
2020-10-05 17:00:00 13.131313 13.131313 7.533757
2020-10-04 17:00:00 6.250000 6.250000 6.813516
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 6.520690

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-09 17:00:00 11.177907 5.044148 5.240586
2020-10-08 17:00:00 7.507645 7.507645 5.021919
2020-10-07 17:00:00 5.360206 5.360206 4.818075
2020-10-06 17:00:00 4.959328 4.959328 4.625634
2020-10-05 17:00:00 9.319287 9.319287 4.548432
2020-10-04 17:00:00 4.819055 4.819055 4.420465
2020-10-03 17:00:00 3.380282 3.380282 4.292619

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.002039 3.297077 4.092963
Basilicata 2.069614 2.069614 1.819057
Calabria 1.947149 1.019935 1.075325
Campania 9.777495 5.359186 6.921415
Emilia-Romagna 5.456702 3.469751 3.562184
Friuli Venezia Giulia 8.984615 3.600000 3.479135
Lazio 3.739492 2.604116 2.795017
Liguria 12.844037 12.844037 9.547860
Lombardia 6.003787 2.268979 2.848144
Marche 4.124579 4.124579 4.482717
Molise 1.757188 2.337938 0.982609
P.A. Bolzano 10.855683 3.575990 3.494786
P.A. Trento 8.843537 8.843537 8.267379
Piemonte 12.803321 12.803321 8.338527
Puglia 7.126503 7.126503 4.907449
Sardegna 6.380952 7.950163 5.938950
Sicilia 5.421126 5.421126 4.510414
Toscana 6.617345 2.959309 3.625469
Umbria 9.698137 4.078356 4.731556
Valle d'Aosta 15.789474 15.789474 9.901821
Veneto 11.177907 5.044148 5.240586
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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